紫外線是一種肉眼看不見的光波，存在于光譜紫射線端的外側，故稱紫外線。紫外線系來自太陽輻射電磁波之一，一般依照波長把紫外線分為四類 。它是物質運轉的一種特別方式，是一粒粒不連接的粒子流。每一粒波長253.7nm的紫外線光子具有4.9eV的能量。當紫外線照耀到微生物時，便發作能量的傳遞和堆集，堆集成果形成微生物的滅活，然后到達消毒的意圖。當細菌、病毒吸收超越3600~65000uW/c㎡劑量時，對細菌、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有強壯破壞力，能使細菌、病毒損失生存力及繁殖力進而消除細菌、病毒，到達消毒滅菌成效。紫外線一方面可使核酸驟變、阻止其仿制、轉錄封閉及蛋白質的組成；另一方面，發生自由基可惹起光電離，然后招致細胞的。

紫外線消毒器滅菌原理是運用紫外線燈管輻照強度，即紫外線滅菌燈所宣布之輻照強度，與被照消毒物的間隔成反比。當輻照強度一守時，被照消毒物停留工夫愈久，離滅菌燈管愈近，其滅菌作用愈好，反之愈差。